発酵した糠に野菜を漬け込むことにより微生物によって糠の成分が分解され、それらが漬け込んだ野菜に浸透することで、生の野菜とは違った風味豊かな野菜に変身します。この変身した野菜（糠漬け野菜）には糠に含まれるいろいろな栄養成分や発酵の過程において新しく作られた栄養成分が浸透しているため、生の野菜よりも栄養価が高いと考えることができます。
また漬けた糠床を上手に管理することができれば、繰り返し野菜を漬けることができるため、その栄養価が高くなった野菜を何度でも楽しむことができます。

発酵した漬物の中にはさまざまな種類の微生物のかたまり（ミクロフローラと呼ばれる）があって、漬物の種類や漬け床、漬ける期間によって様々に変化します。 その中でも発酵の主役となるのが乳酸菌と酵母です。どんな発酵漬物も乳酸菌による発酵が起っており、乳酸が生成すると同時に生の野菜特有の青臭みがなくなり、熟成された風味となります。乳酸菌は漬け込む環境によって菌の種類が異なりますので、それぞれの活動環境を選んで旺盛に繁殖し、漬物に独特の酸味と風味をつけるのです。
このような微生物がバランスよく生育していると、発酵漬物が上手に漬けあがるようになります。